1988
陽明大學成立復健醫學系。創辦之初，聘請台北榮民總醫院復健醫學部主任徐道昌先生為兼任系主任，徐主任並委派榮總復健醫學部一般復健科主任劉作仁醫師及物理治療資深技師張梅蘭老師，負責實質的統籌、規劃與執行。
1990
本系邀請美國紐約大學副教授凌汶博士回國擔任客座教授一年，協同系內王瑞瑤老師及蔡美文老師規劃系上課程，並建立臨床教育模式。
1992
奉教育部審核通過，本學系正名為「物理治療學系」。同年八月一日起，由本校教務長張仲明先生擔任本學系兼任系主任。張教務長兼系主任為促進本學系邁向國際化發展，於民國八十二年五月與美國紐約大學簽訂建教合作計劃，內容以雙方互邀教師參與講學、研究工作及再教育為主。
1994
七月一日陽明醫學院改制為陽明大學，本學系隸屬於醫事技術學院。同年八月聘請本校校友－體育學院運動科學研究所所長陳俊忠教授返校服務，擔任本學系專任教授兼系主任，拓展本學系研究領域及研究經費來源。
1997
本學系經由遴選，由王瑞瑤副教授擔任系主任一職。王瑞瑤教授在教學、研究與臨床方面有多年經驗及傑出的表現，領導本系在穩定中發展。
2000
奉教育部審核通過成立物理治療研究所，由王瑞瑤教授擔任系主任兼所長一職。設所之主要目標為：藉由科學的驗證，強化物理治療的理論基礎及作用機轉，以提昇物理治療師解決病人問題的能力，並擴展物理治療師在整個社會中的參與面及能力。
2005
考量因應社會發展的需求及校內教學、研究、及服務資源之有效運用，本學系與復健科技輔具研究所開始洽商系所整併事宜。委由本學系王瑞瑤教授兼系主任與復健科技輔具研究所蔚順華教授兼所長共組工作團隊進行「物理治療系與復健科技輔具研究所合併計畫」。
2006
四月一日本學系經由遴選，由蔚順華教授擔任本學系系主任。
2007
八月一日物理治療學系與復健科技輔具研究所正式合併為物理治療學暨輔助科技學系，並由蔚順華教授擔任本學系系主任。同年成立物理治療暨輔助科技學系博士班。
2009
七月一日本學系經由遴選，由楊雅如教授擔任本學系系主任。十二月十一日本學系通過由高教中心所辦理之大學校院系所評鑑。
2013
為培養高階物理治療專業醫療技術與行政領導人才，促進國內物理治療專業的實質發展，提升本校物理治療教育躋身於國際之競爭能力，本學系經系務會議討論後申請變更大學部教育為「六年制物理治療學士學位Doctor of Physical Therapy (DPT)」學程，並委請王子娟老師協助規劃相關事宜。
2014
十一月五日「六年制物理治療學士學位Doctor of Physical Therapy (DPT)」學程案通過本校教務會議審議，預計於105學年度開始招生。
2015
四月二十三日本學系經由遴選，由蔡美文副教授擔任本學系系主任。
2016
陽明大學「六年制物理治療學士學位」開始招生，四年制學士學程停招。
2018
因應生醫工程學院所在之研究大樓空間大整修，在歷時一年多的規劃及利用暑假期間的施工，本學系終將分在山上（研究大樓6樓）及山下（致和樓3樓）的系址，整併至研究大樓4-6樓，同時增設各式專業實作教室，如：體能重訓教室、墊上運動教室、皮拉提斯教室、手作工作坊、專業示範室等，以及多個大小討論室，以符合課程所需。
2019
六月九日本學系最後一屆四年制學士班（108級）畢業。
2021
二月一日陽明大學與交通大學合校更名為「國立陽明交通大學」。本學系經由遴選，八月一日起由施怡芬教授擔任本學系系主任。
2023
依2023年的數據顯示學系中學生數分佈是大學部有236位、碩士班92位及博士班36位。在師資方面則是專任教授7名、副教授7名和助理教授3名。